ЛИО, здравствуйте!
Цитата: Организация подала уточненный расчет 6-НДФЛ за 2 квартал 2020г. в ИФНС 7743,
Каким образом сдан отчет? После перехода в новую налоговую, бывшая налоговая передает все необходимые документы по вашей организации (Приказ Управления ФНС по г. Москве от 29 февраля 2008 г. № 106).
Так же должно быть свидетельство о снятии с учета в бывшей ИФНС, и свидетельство о постановке на учет в ИФНС 7734.
Цитата: Как исправить ситуацию?
Считаю, что нужно обратиться в "старую" ИНФС и выяснить, что с вашим отчетом. Считаю, что он должен быть аннулирован если он попал в базу. Каким это образом сделать нужно проконсультироваться в налоговой. Возможно написать письмо.
Поделюсь своим опытом. Много-много лет назад, когда еще декларации сдавались на бумаге (и даже без дискеты) при сверке я обнаружила в нашей карточке отражены чужие начисления. Мы писали письмо в налоговую, что начисления заведены ошибочно и к нашей организации они отношения не имеют. Возможно предоставляли копии деклараций по налогам где произошла ошибка (но этого я уже не помню, поскольку это было очень давно).
И начисления были налоговой убраны с нашего лицевого счета.